到了后來，就連吳孟達也被媒體報道說與周星馳關系變差。吳孟達是這樣回應的：“是的，本來說好我會演《功夫》的，可是留了檔期，他又不拍，等我檔期沒了，又說要我拍，讓我的檔期都亂掉了。表面上看，關系是不太好，但這種事，我們彼此了解，不用婆媽解釋，那樣層次太低了。”
應該說，其中有媒體捕捉新聞夸大事實的情況，把藝員搭檔之間的合作正常中斷視為關系破裂，但從另一個角度也能感覺出來：周星馳的脾氣也確是在與日俱增。當時，甚至有報道描寫到周星馳在片場里脾氣暴躁，愛發火、摔東西。
其實，早在《少林足球》之前，周星馳就曾傳過與當年提攜他演電影的李修賢形同陌路，也與張敏在片場里吵過。而王晶在與周星馳分道揚鑣后，很含蓄地說：“我是真小人，周星馳是偽君子。”同樣合作多次的導演杜琪峰也坦誠過自己的體會：“與周星馳合作拍片可以，但做朋友就沒辦法。”
朱茵在與周星馳分手時，就曾公開說過周星馳的朋友不多。周星馳也在1992年8月一次專訪中談到友情，他承認自己的知心朋友不多，并說這跟他的性格有點關系。“知心朋友不用多，也不需要多。因為做得一個知心朋友要經過時間，要有考驗才可以。如果有人能夠做到人人都是他的知心朋友，那他很厲害嘍！我覺得這沒什么可能，我的知心朋友都是那幾個而已。我想這不光只有我是這樣的想法。我現在出來見面的都是以前的朋友。我自己那幾個聊得來的朋友，起碼都認識了10年或以上的時間。”
2004年在《功夫》的制作與宣傳期間，周星馳依然傳出關于與拍檔不和的新聞。先是田啟文即將出走星輝，周星馳沒有出席田啟文的訂婚宴席；還有在片場里與洪金寶吵架，以至洪金寶憤而中斷合作；更有報道說，在6月22日他的生日期間，周星馳身邊居然沒有一個好友來為他捧場道賀，他在家喝到酩酊大醉，更酒后駕車出門兜風，鬧出了一場令人驚出一身冷汗的車禍。
事后，以上關于“不和”的傳聞都有解釋。田啟文曾代表周星馳這樣說，“誤會肯定是有過，但現在我知道大家都在合作，我們肯定會跟吳孟達合作，星爺與李力持導演也不是如外界傳的那樣，我都一直再幫李力持做策劃，只是一段時間內大家各自忙各自的，并不表示以后都不合作了。周星馳和洪金寶是有些誤會，但并不是因為他脾氣不好，而是他要求嚴格。”
“孤獨老人”這個外號是田啟文給周星馳取的。在田啟文眼中，周星馳是個不茍言笑的思考者，他終日思索的境界，是外人很難靠近無法企及的。“吃東西”可能是周星馳惟一的放松方式，可就算是在飯桌上，他所聊的也是劇本、演員、合作伙伴。類似的觀感，谷德昭也說過，“周星馳雖然很聰明，但在我眼中，他是在過著類似苦行僧的生活，每天都在不停地想電影橋段和拍戲。”
關于很多人說跟周星馳合作是很困難的問題，周星馳后期電影的重要編劇曾謹昌（參與《食神》、《喜劇之王》、《少林足球》、《功夫》）也坦言周星馳是“難合作”，原因是周星馳要求很高，很難捉摸。但他強調這并不是貶義的意思。
周星馳拍電影的刻苦程度，對己對人都是嚴格要求，大家多數只知道他拍的是讓人開心的電影，而不知道幕后那些麻煩的糾紛。
《少林足球》不但讓周星馳與朋友發生矛盾，也引來一場官司。先是寰宇國際發律師信給周星馳，說周星馳獨吞約2000萬的《少林足球》漫畫電腦游戲等副產品的收益，然后是周星馳及其家屬持有的公司，反指控《少林足球》的投資者寰宇國際主席林小明旗下公司收取《少林足球》海外發行商的賣埠錢后，拒絕按合約分賬約91萬美元（約165萬新元），告入高等法院追討該筆款項以及利息和訟費。接著林小明正式向香港高等法院指控周星馳毀約，指控周星馳在他不知情下推出相關的漫畫及電腦游戲產品，并要求周星馳交代產品的收益。雙方形成僵局，難解難分。
甚至在2002年香港金像獎頒獎禮上，頒發《少林足球》最佳電影獎時，林小明太太趙雪英不請自出，沖上講臺發表得獎感受，她說了12個字，“公道自在人心，真理永遠長存”。
2002年11月，據香港《明報周刊》報道，周星馳曾擺下“講和酒”，賠付上千萬給林小明。后來林小明否認了這一個新聞。官司仍然繼續在打。最后這場官司從2001年延續到2003年才結束。2003年2月21日，周星馳反訴寰宇獲得勝利，成功申請領取部分收益，這其中包括美國米拉麥克斯公司（Miramax）以150萬美元買入《少林足球》片的海外發行權。事后在談到林小明時，周星馳說：”我千萬個不愿意跟他的名字放在一起。”他還對記者說，“你跟我說的這位林先生，我真的不是很熟悉。因為跟我合作的公司實在是太多了，公司與公司之間的合作每天都在發生。”這些話都說得比較絕情。
而與林小明的官司或許不是周星馳的最后一個。不久后，與周星馳合組星輝制作公司的楊國輝，因為在離開星輝一直未收到電影《食神》、《喜劇之王》和《少林足球》的股東分紅，楊國輝感到沒有得到合理的處理，也于2004年1月宣告有意采取法律行動。
楊國輝說，“公司叫星輝，相信從名字中都可以理解我和星仔的合作關系，我們合作了六七年，我一直管理行政和財政上的工作，為他的電影做監制。兩年前我有感于與星仔之間失去信任，而離開星輝，但至今仍未收到合理的分紅。近日，我跟星仔有很頻密的書信往來，如果仍未有合理回復，我會采取法律行動。”
除了與搭檔之間的經濟利益糾紛，之前周星馳在2001年7月，更傳出《少林足球》因為沒有取得內地批文就在香港上映，觸怒了有關部門，周星馳要支付高額罰款。2001年9月，周星馳公開承認《少林足球》違規。至今《少林足球》仍被禁止在內地上映。
周星馳近年來的形象也是越來越滄桑、臉龐越來越瘦削、眼神越來越深邃，頭發越來越白的頭發，大概以上這些與電影無關的麻煩所帶來的積慮也有很大的關系。
關于周星馳對錢財方面的態度，香港TVB雜志曾經將他和梁朝偉進行比較：“梁朝偉片酬只有周星馳的四分之一，區區四百萬而已，周星馳的片酬為一千多萬，可偉仔很慷慨，星仔卻孤寒得要命。蘭桂坊酒吧的伺應生說：星仔每回泡完吧，只給10元小費，不像偉仔每次小費必定是100大元”云云。
2003年2月，周星馳雖然官司纏身，卻仍在倫敦杜莎夫人蠟像館香港分館的投票中，被選為“香港市民最想塑造成蠟像的藝人”。也是這一年，由美國著名的《時代》雜志舉辦的《時代亞洲英雄2003》選舉中，在獲選的29位全球出色華人里周星馳成為香港唯一一位獲選的亞洲英雄，并因此成為最新一期雜志的封面人物。《時代》雜志這樣形容周星馳：“他由什么都沒有開始，努力發奮，用智慧、決心及堅持自己對無厘頭電影的期望，成為一位喜劇巨星。”接著周星馳又上了《紐約時報》的時尚專刊封面，文章中周星馳被形容為來自香港的“赤腳湯姆·漢克斯”，又稱贊他是香港最好的演員。
